장곡사는 850년(신라 문성왕 12년)에 보조선사가 처음 건립하였다고 전하는데, 오랜 세월 동안에 변천이 있어 지금은 대웅전이 상·하 두 곳으로 나뉘어져 있다. 상대웅전은 고려시대에 처음 건립되었고 조선 말기에 고쳐지었다. 건물은 약간 높이 설치된 기단 위에 둥근 자리가 있는 주춧돌을 놓고, 그 위에 배흘림이 뚜렷한 기둥을 세운 정면 3칸 측면 2칸 규모의 맞배지붕이다. 다포(多包)식이지만 평방(平枋)이 없고, 기둥 사이에 공간포(空間包)가 하나씩만 배치되는 등 주심포(柱心包) 양식의 특징도 함께 갖고 있다. 기둥머리에 있는 굽받침 등 고려시대의 특징이 일부 남아 있으나, 쇠서(牛舌)와 보머리는 조선 중기 이후의 수법을 보이고 있어 중간에 많은 변화가 있었음을 알 수 있다. 대웅전에는 석가여래(釋迦如來)를 주존으로 모시는 것이 보통이나, 이 곳에는 2기(基)의 석조대좌(石造臺座) 위에 철조약사여래좌상(鐵造藥師如來坐像)과 철조비로사나불(鐵造毘盧舍那佛)을 모시고있다.